9 多样性计算

9.1 α多样性

DYX(com)

Shannon Wiener	Simpson	pielou	S	site
2.622514258	0.8798394839	0.8049222077	26	1
1.670559563	0.7218682731	0.7603044224	9	2

多样性指数之间的相关性,by=“pearson” or “spearman”

CORB(mtcars,by="pearson")

	mpg	cyl	disp	hp	drat	wt	qsec	vs	am	gear	carb
mpg	1	-0.852**	-0.848**	-0.776**	0.681**	-0.868**	0.419*	0.664**	0.6**	0.48**	-0.551**
cyl	-0.852**	1	0.902**	0.832**	-0.7**	0.782**	-0.591**	-0.811**	-0.523**	-0.493**	0.527**
disp	-0.848**	0.902**	1	0.791**	-0.71**	0.888**	-0.434*	-0.71**	-0.591**	-0.556**	0.395*
hp	-0.776**	0.832**	0.791**	1	-0.449**	0.659**	-0.708**	-0.723**	-0.243	-0.126	0.75**
drat	0.681**	-0.7**	-0.71**	-0.449**	1	-0.712**	0.091	0.44*	0.713**	0.7**	-0.091
wt	-0.868**	0.782**	0.888**	0.659**	-0.712**	1	-0.175	-0.555**	-0.692**	-0.583**	0.428*
qsec	0.419*	-0.591**	-0.434*	-0.708**	0.091	-0.175	1	0.745**	-0.23	-0.213	-0.656**
vs	0.664**	-0.811**	-0.71**	-0.723**	0.44*	-0.555**	0.745**	1	0.168	0.206	-0.57**
am	0.6**	-0.523**	-0.591**	-0.243	0.713**	-0.692**	-0.23	0.168	1	0.794**	0.058
gear	0.48**	-0.493**	-0.556**	-0.126	0.7**	-0.583**	-0.213	0.206	0.794**	1	0.274
carb	-0.551**	0.527**	0.395*	0.75**	-0.091	0.428*	-0.656**	-0.57**	0.058	0.274	1

9.2 多样性与环境因子之间的相关性

线性回归分析,basicTrendline支持常规的几种线性回归模型，并会直接加上R²、P值、回归方程

9.3 β多样性

可参考vegan包进行计算，进行RDA，Mantel检验、以及空间自相关分析