4 区系

  • 数据透视表

4.1 科属组成

group<-KS(sp,by="group")
family<-KS(sp,by="family")
genus<-KS(sp,by="genus")
  • 被子植物和裸子植物
    科 属 种
    Angiosperm 11 20 32
  • 按科统计
    科名 FAMILY_APG 属数 种数 种所占比例(%)
    蔷薇科 Rosaceae 2 6 18.75
    禾本科 Poaceae 4 5 15.62
    菊科 Asteraceae 4 5 15.62
    唇形科 Lamiaceae 2 4 12.50
    石蒜科 Amaryllidaceae 1 4 12.50
    苋科 Amaranthaceae 1 2 6.25
    车前科 Plantaginaceae 1 1 3.12
    菊科 Lamiaceae 1 1 3.12
    瑞香科 Thymelaeaceae 1 1 3.12
    天门冬科 Asparagaceae 1 1 3.12
    旋花科 Convolvulaceae 1 1 3.12
    紫葳科 Bignoniaceae 1 1 3.12
  • 按属统计
    属名 GENUS 种数 种所占比例(%)
    葱属 Allium 4 12.50
    山莓草属 Sibbaldia 3 9.38
    委陵菜属 Potentilla 3 9.38
    百里香属 Thymus 2 6.25
    冰草属 Agropyron 2 6.25
    蒿属 Artemisia 2 6.25
    黄芩属 Scutellaria 2 6.25
    碱猪毛菜属 Salsola 2 6.25
    车前属 Plantago 1 3.12
    狗娃花属 Heteropappus 1 3.12
    芨芨草属 Achnatherum 1 3.12
    角蒿属 Incarvillea 1 3.12
    苦荬菜属 Ixeris 1 3.12
    赖草属 Leymus 1 3.12
    狼毒属 Stellera 1 3.12
    猬菊属 Olgaea 1 3.12
    旋花属 Convolvulus 1 3.12
    隐子草属 Cleistogenes 1 3.12
    知母属 Anemarrhena 1 3.12
    栉叶蒿属 Neopallasia 1 3.12
  • 科属组成的描述 cat表示每科，每层最多描述的物种数，by为前几个大科，会按照生活型展开描述。by2为除前几个科外，按照顺序，接下来要展示的科。
MS_K(sp,com,cat=5,by=4,by2=2)
## [1] "蔷薇科（Rosaceae），共2属，6种，占总物种数的18.75%，多年生草本有6种，常见有大萼委陵菜(Potentilla conferta)、伏毛山莓草(Sibbaldia adpressa)、克氏针茅(Sibbaldia adpressa)、轮叶委陵菜(Potentilla verticillaris)、星毛委陵菜(Potentilla acaulis)等。禾本科（Poaceae），共4属，5种，占总物种数的15.62%，多年生草本有5种，常见有羊草(Leymus chinensis)、冰草(Agropyron cristatum)、糙隐子草(Cleistogenes squarrosa)、寸草苔(Agropyron cristatum)、芨芨草(Achnatherum splendens)等。菊科（Asteraceae），共4属，5种，占总物种数的15.62%，多年生草本有3种，常见有阿尔泰狗娃花(Heteropappus altaicus)、山苦荬(Ixeris chinensis)、猬菊(Olgaea lomonossowii)等，一年生草本有2种，常见有栉叶蒿(Neopallasia pectinata)、猪毛蒿(Artemisia scoparia)等，小半灌木有1种，常见有冷蒿(Artemisia frigida)等。唇形科（Lamiaceae），共2属，4种，占总物种数的12.5%，多年生草本有3种，常见有黄囊苔(Scutellaria viscidula)、乳白花黄芪(Thymus mongolicus)、粘毛黄芩(Scutellaria viscidula)等，小半灌木有1种，常见有百里香(Thymus mongolicus)等。除以上物种数较多的4个科外，还有旋花科（Convolvulaceae）的银灰旋花（Convolvulus ammannii）;石蒜科（Amaryllidaceae）的细叶葱（Olgaea lomonossowii）、多根葱（Allium senescens）、蒙古韭（Allium mongolicum）、山韭（Allium senescens）也在群落中出现频度较高且优势度较大。"

4.2 生活型

按照生活型进行绘图，列表，描述（展示所有木本物种）

SHX(sp,by="shx",out='plot')

SHX(sp,by="shx",out='table')
生活型 种数 百分比
多年生草本 25 78.12
一年生草本 5 15.62
小半灌木 2 6.25 
MS_SHX(sp,com)
## [1] "多年生草本有25种，占总物种数的78.12%；一年生草本有5种，占总物种数的15.62%，；小半灌木有2种，占总物种数的6.25%，有冷蒿（Artemisia frigida）、百里香（Thymus mongolicus）。"
  • 芽的位置
SHX(sp,by="shx2",out='plot')

SHX(sp,by="shx2",out='table')
生活型 种数 百分比
地面芽植物 16 50.00
地下芽植物 9 28.12
一年生植物 5 15.62
地上芽植物 2 6.25

4.3 水分生态型

SHX(sp,by="stx",out='plot')

SHX(sp,by="stx",out='table')
水分生态类型 种数 百分比
旱生 15 46.88
中旱生 9 28.12
中生 4 12.50
旱中生 3 9.38
强旱生 1 3.12 
MS_STX(sp)
## [1] "旱生植物有15种，占总物种数的46.88%；中旱生植物有9种，占总物种数的28.12%；中生植物有4种，占总物种数的12.5%；旱中生植物有3种，占总物种数的9.38%；强旱生植物有1种，占总物种数的3.12%。"

4.4 区系地理

  • 加载区系地理成分的编号表
data("qx_ecoding")
  • 运行以下函数，检查没有进行匹配的区系地理成分的物种。建议qxdl编号表进行增加或对sp表内物种的区系地理成分进行检查。将某些较小分布加以扩大以便能完全匹配。
sp[!(sp$'区系地理成分' %in% qxdl$'区系地理成分')==TRUE,1]
## character(0)
  • 按照编号表，进行统计
QX_TABLE(sp,qxdl)
  • 表格
    序号 区系地理成分 种数 合计种数 百分比 合计百分比
    3 泛北极分布种 3 3 9.38 9.38
    4 古北极分布种 2 2 6.25 6.25
    5 东古北极分布种 10 15 31.25 46.88
    5.2 西伯利亚-东亚分布种 1 3.12
    5.2.1 西伯利亚-东亚北部分布种 1 3.12
    5.3.1.1 蒙古-华北分布种 3 9.38
    6 东亚分布种 1 3 3.12 9.38
    6.1.2.1 黄土高原分布种 1 3.12
    6.2 华北-横断山脉分布种 1 3.12
    8 古地中海分布种 2 2 6.25 6.25
    9.1 黑海-哈萨克斯坦-蒙古分布种 1 1 3.12 3.12
    10 亚洲中部分布种 2 6 6.25 18.75
    10.3 戈壁-蒙古分布种 4 12.50
    • 描述
    MS_QXDL(sp,com,qxdl,cut=2)
    ## [1] "东古北极分布种有15种，占总物种数的46.875%，有羊草、银灰旋花等；亚洲中部分布种有6种，占总物种数的18.75%，有克氏针茅、多根葱等；东亚分布种有3种，占总物种数的9.375%，有乳白花黄芪、角蒿等；泛北极分布种有3种，占总物种数的9.375%，有冷蒿、寸草苔等；古北极分布种有2种，占总物种数的6.25%，有猪毛蒿、平车前等；古地中海分布种有2种，占总物种数的6.25%，有芨芨草、刺沙蓬等；中亚-亚洲中部分布种有1种，占总物种数的3.125%，有糙隐子草等。"
    • 绘图(原始的和，匹配了区系表的)
    SHX(sp,by="qxdl",out='plot')

    SHX(sp,by="qxdl2",qxdl=qxdl,out='plot')

4.5 恒有度

  • 反映群落的常见种
HYD(com,out='table')
sp 频度 相对频度百分比 dj
细叶葱 2 100 (80,100]
羊草 2 100 (80,100]
银灰旋花 2 100 (80,100]
阿尔泰狗娃花 1 50 (40,60]
百里香 1 50 (40,60]
冰草 1 50 (40,60]
糙隐子草 1 50 (40,60]
刺沙蓬 1 50 (40,60]
寸草苔 1 50 (40,60]
大萼委陵菜 1 50 (40,60]
多根葱 1 50 (40,60]
伏毛山莓草 1 50 (40,60]
黄囊苔 1 50 (40,60]
芨芨草 1 50 (40,60]
角蒿 1 50 (40,60]
克氏针茅 1 50 (40,60]
狼毒 1 50 (40,60]
冷蒿 1 50 (40,60]
轮叶委陵菜 1 50 (40,60]
蒙古韭 1 50 (40,60]
平车前 1 50 (40,60]
乳白花黄芪 1 50 (40,60]
山韭 1 50 (40,60]
山苦荬 1 50 (40,60]
双齿葱 1 50 (40,60]
猬菊 1 50 (40,60]
星毛委陵菜 1 50 (40,60]
粘毛黄芩 1 50 (40,60]
知母 1 50 (40,60]
栉叶蒿 1 50 (40,60]
皱黄芪 1 50 (40,60]
猪毛蒿 1 50 (40,60] 
HYD(com,out='plot')

4.6 重要值等级

  • 反映群落的优势种
IVDJ(com,out='table')
sp iv per dj
羊草 0.7543503 37.7175169 (20,40]
芨芨草 0.1712833 8.5641628 (0,20]
克氏针茅 0.1322687 6.6134338 (0,20]
银灰旋花 0.1243136 6.2156779 (0,20]
细叶葱 0.1031372 5.1568617 (0,20]
冷蒿 0.0982854 4.9142679 (0,20]
多根葱 0.0844286 4.2214288 (0,20]
糙隐子草 0.0499569 2.4978438 (0,20]
猪毛蒿 0.0457137 2.2856828 (0,20]
栉叶蒿 0.0440342 2.2017104 (0,20]
阿尔泰狗娃花 0.0419733 2.0986668 (0,20]
双齿葱 0.0408587 2.0429367 (0,20]
大萼委陵菜 0.0333654 1.6682721 (0,20]
狼毒 0.0285604 1.4280211 (0,20]
皱黄芪 0.0284720 1.4235989 (0,20]
寸草苔 0.0252110 1.2605476 (0,20]
冰草 0.0200125 1.0006246 (0,20]
猬菊 0.0174066 0.8703280 (0,20]
粘毛黄芩 0.0163251 0.8162537 (0,20]
轮叶委陵菜 0.0160322 0.8016089 (0,20]
乳白花黄芪 0.0153454 0.7672723 (0,20]
刺沙蓬 0.0148918 0.7445905 (0,20]
角蒿 0.0143228 0.7161375 (0,20]
蒙古韭 0.0143167 0.7158371 (0,20]
山韭 0.0131706 0.6585323 (0,20]
伏毛山莓草 0.0129356 0.6467818 (0,20]
知母 0.0114675 0.5733768 (0,20]
黄囊苔 0.0085399 0.4269932 (0,20]
山苦荬 0.0079569 0.3978444 (0,20]
平车前 0.0046148 0.2307391 (0,20]
百里香 0.0040582 0.2029077 (0,20]
星毛委陵菜 0.0023908 0.1195420 (0,20] 
IVDJ(com,out='plot')

4.7 SAR种面积曲线

p<-SAR(plantcom$comm)
## Warning in cor(x > 0): the standard deviation is zero
library(ggplot2)
p+labs(x="面积(m^2)")